W 2009 roku Comarch otrzymał „Złotą Antenę” w kategorii „Produkt roku 2009 – rozwiązanie dla operatorów” za Comarch Next Generation Service Management.
Comarch uplasował się na trzecim miejscu Listy rankingowej inwestorów w badania i rozwój w Polsce w 2008 roku – wynika z Raportu o Innowacyjności Gospodarki Polski w 2009 roku przeprowadzonego przez Instytut Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk.
Nagroda przyznana systemowi bankowości internetowej PekaoBiznes24 dedykowanemu segmentowi korporacyjnemu Banku Pekao SA w XIV edycji prestiżowego konkursu organizowanego pod honorowym patronatem Ministerstwa Gospodarki i Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości.
Comarch został uznany za najbardziej innowacyjną firmę z Listy 2000 publikowanej przez Rzeczpospolitą. Na działalność badawczo-rozwojową w 2008 r. Comarch przeznaczył 93 mln zł (rok wcześniej 96,6 mln zł). Działalnością R&D, która pochłania 15 proc. przychodów przedsiębiorstwa, zajmuje się w Comarch 1,1 tys. pracowników. Kapituła nagrody Dobra Firma przyznała Comarch również tytuł najszybciej rozwijającego się przedsiębiorstwa z Listy 2000.
Comarch zajął II miejsce w kategorii głównej specjalistycznego rankingu IT@BANK dla firm IT pracujących na potrzeby sektora finansowego oraz instytucji publicznych. Prestiżowe wyróżnienia po raz czwarty zostały przyznane przez Miesięcznik Finansowy BANK.
System bankowości internetowej PekaoBiznes24 dedykowany segmentowi korporacyjnemu Banku Pekao SA został zwycięzcą konkursu prestiżowego „Global Finance” w kategorii Best Corporate/Institutional Internet Banks.
System bankowości internetowej Alior Internet Banking wdrożony w Alior Bank został zwycięzcą konkursu tygodnika „Newsweek” w kategorii „Przyjazny Bank Newsweeka 2009”.
Podczas uroczystości w siedzibie Polskiej Akademii Nauk w Warszawie tytuł Europejczyk Roku 2009 w kategorii Przedsiębiorca otrzymał założyciel i prezes Comarch profesor Janusz Filipiak. Wyróżnienia przyznawała redakcja Monitor Unii Europejskiej.
Entrepreneur of the Year Ernst&Young tzw. biznesowy Oskar to jedyna tej skali (ponad 10 000 kandydatów) międzynarodowa inicjatywa, promująca najlepszych na świecie przedsiębiorców.
2009 roku Comarch otrzymał statuetkę magazynu ekonomicznego Forbes Lider Polskiej Transformacji - najlepiej zrestrukturyzowanej i zarządzanej firmy sektora IT. Kapituła miesięcznika Forbes przyznała tytuł podczas Forbes Executive Forum konferencji podsumowującej 20-lat Polskiej Transformacji.
Inteligentna platforma Comarch ALTUM podczas targów CeBIT 2009 otrzymała tytuł Innovationspreis w kategorii „Najbardziej innowacyjny system klasy ERP”. Wyróżnienie zostało przyznane przez instytucję Initiative Mittelstand (Inicjatywa dla małych i średnich przedsiębiorstw).
W 2009 oraz 2006 roku Comarch został wyróżniony przez Instytut Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk oraz Redakcję magazynu "Polish Market" certyfikatem w rankingu polskich przedsiębiorstw i uzyskał tytuł "Perła Polskiej Gospodarki" w kategorii perły duże. Comarch doceniono za konsekwentną politykę oraz strategię, a także za pozycję lidera wśród najbardziej dynamicznych i efektywnych przedsiębiorstw w Polsce.
Nagroda Gazety Bankowej dla Alior Bank za najlepszy projekt informatyczny Rekomendacja Hit roku dla instytucji finansowych dla Comarch Contact Center.
Comarch otrzymał nagrodę "Innowacja 2008" ("Innovationspreis 2008") za produkt Virtual Consulting Services (VCS) - platformę wspomagającą komunikację użytkowników poprzez sieć. Do nagrody "Innovationspreis 2008" zostało zgłoszonych 1600 produktów, które zostały wyróżnione w 33 kategoriach.